蛋白质相互作用图是用于展示蛋白质之间相互作用关系的图形表示方法。蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction Network, PPI网络）是现代生物信息学和系统生物学研究中的工具。蛋白质是细胞中执行大多数功能的分子机器，它们通过相互作用形成复杂的网络，参与细胞的生命活动，从信号传导到代谢途径再到基因表达调控，几乎无处不在。蛋白质相互作用图旨在描绘这些复杂的相互作用网络，通过图形化的方式展现每个蛋白质之间的互动关系。通过相互作用图，可以发现与已知功能蛋白质相互作用的未知蛋白质，从而揭示蛋白质功能。例如，若一个未知蛋白与参与细胞信号转导的多个蛋白相互作用，那么它可能也在该信号通路中发挥作用。此外，蛋白质相互作用图能够帮助我们直观地了解这些过程中蛋白质之间的复杂关系，以及它们如何相互协作来完成特定的生物学功能。许多疾病的发生与蛋白质相互作用网络的失调密切相关。通过比较正常细胞和疾病细胞中的蛋白质相互作用图，可以识别出发生改变的相互作用，这些变化可能是疾病发生、发展的关键因素，为疾病的诊断、治疗和药物研发提供线索。在功能基因组学中，蛋白质相互作用图有助于预测未知蛋白质的功能。通过与已知功能蛋白质的相互作用，推测未知蛋白质可能扮演的角色。总之，蛋白质相互作用图不仅是揭示生命活动背后复杂机制的窗口，也是推动生物医药行业不断前进的助力。

一、蛋白质相互作用图构建方法

1.实验方法

（1）酵母双杂交系统

基于转录因子的特性，可检测蛋白质之间的直接相互作用。将目标蛋白分别与转录因子的两个结构域融合表达，如果两个目标蛋白相互作用，就会使转录因子的两个结构域靠近，从而激活报告基因的表达。

（2）亲和纯化质谱技术

利用特异性抗体或亲和标签来纯化与目标蛋白相互作用的蛋白质复合物，然后通过质谱分析鉴定复合物中的蛋白质成分，从而确定蛋白质之间的相互作用关系。

（3）共分馏质谱技术

通过对细胞裂解物进行分级分离，基于蛋白质在细胞内的共定位或共表达特性，将相互作用的蛋白质复合物一起分离出来，再结合质谱分析确定相互作用的蛋白质。

（4）荧光共振能量转移技术

当两个荧光蛋白标记的蛋白质相互靠近到一定距离时，会发生能量转移，通过检测这种能量转移现象来判断蛋白质之间是否存在相互作用。

2.蛋白质相互作用图计算方法

（1）基于序列相似性的预测

利用已知相互作用蛋白质的序列信息，寻找具有相似序列的其他蛋白质，推测它们可能具有相似的相互作用模式。

（2）基于结构的预测

如果已知蛋白质的三维结构，可以通过分析蛋白质表面的形状、电荷分布等特征，预测其可能与哪些蛋白质发生相互作用。

（3）基于机器学习的预测

利用大量已知的蛋白质相互作用数据对机器学习模型进行训练，然后使用训练好的模型预测未知蛋白质之间的相互作用。

二、蛋白质相互作用图类型

（1）二元相互作用图：以节点表示蛋白质，边表示蛋白质之间的相互作用，简单直观地展示蛋白质两两之间的相互作用关系。

（2）网络相互作用图：更复杂的表示形式，其中节点代表蛋白质，边代表相互作用，可展示多个蛋白质之间的复杂网络关系，包括蛋白质复合物的形成、信号通路中的蛋白质级联反应等。这种图可以通过节点的大小、颜色、形状以及边的粗细、颜色等属性来表示蛋白质的不同特征和相互作用的强度等信息。

（3）差异相互作用图：用于比较不同条件下（如正常组织与疾病组织、不同发育阶段等）蛋白质相互作用的变化。在图中可以突出显示在不同条件下发生变化的相互作用，例如新增的相互作用、消失的相互作用或相互作用强度发生改变的情况，有助于发现与特定条件相关的关键蛋白质和相互作用。

百泰派克生物科技提供先进的蛋白质相互作用服务，助力科研工作者高效揭示蛋白质网络的奥秘。我们专业的团队和尖端的技术手段保证了数据的高质量和结果的高可靠性，为您的研究提供坚实的支持。欢迎与我们合作，共同探索生命科学的未知领域。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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